元气骑士的四个隐藏关卡分别是溶洞、沼泽、墓穴和神庙，它们各自对应不同的常规关卡且拥有独特的进入方式与挑战内容。
溶洞隐藏关卡对应冰雪关卡，进入前提是在冰雪关的BOSS房间发现有被堵住的路。击败BOSS后，天上会掉下关着矿工的牢笼，解救并与他对话后，他会打开通道，跟随他即可进入溶洞。该关卡地面覆盖冰面，行走打滑，且爆炸或冲击波可能触发冰刺对玩家造成伤害。
沼泽隐藏关卡对应森林关卡，其触发方式是在森林关的小怪房间中找到奉献池。向池中投入武器可转化为光球并积累献祭值，当献祭值达到5点后，关底的BOSS会被强制替换为变异的哥布林祭司，击败它会出现紫色传送门，进入即到达沼泽。此关卡地面有减速沼泽，宝箱会自动开启，但金币和能量球会增多。
墓穴隐藏关卡对应遗迹关卡（也称沙漠或埃及关卡），进入条件是在遗迹关打完BOSS后，找到一条额外的通道和房间内的石碑。与石碑互动会触发一个棋盘符文谜题，玩家需在限时内通过方向键操纵符文，将相同符号连接起来并填满所有格子，成功即可开启传送门。该关卡地面有众多深坑，掉入会扣血，小怪击败后能量球掉落较少，对续航是考验。
神庙作为第四个隐藏关卡，其入口通常较为隐蔽，需要触发机关或快速完成连线谜题来开启。例如在金面猴王BOSS战后的隐藏房间内，连接符文后会出现传送门。该关卡的谜题通常有时间限制，其中的敌人和BOSS难度较高，建议玩家携带强力武器进行挑战。
